Sains ketuhanan adalah suatu bidang ilmu yang utama dalam falsafah sains al-Quran. Ilmu ini membicarakan tentang kewujudan Allah Subhanahu Wa Ta‘ala yang menjelaskan konsep keesaan Allah sebagai Tuhan yang berhak disembah, Pencipta, Pentadbir segala alam yang disebut dengan segala nama dan sifat-Nya yang Maha Agung (al-Asma’ al-Husna). Buku Epistemologi dalam Al-Quran: Sains Ketuhanan ini membincangkan tentang sains ketuhanan yang menjelaskan tentang keesaan Allah sebagai Tuhan yang disembah, sebagai Pencipta dan Pentadbir, serta 99 nama Allah yang baik serta sifat-Nya yang perlu diketahui oleh setiap umat Islam. Turut dibincangkan dalam buku ini ialah pegangan yang berasaskan “Tiada Tuhan Melainkan Allah” dan penolakan terhadap tuhan lebih daripada satu sebagai teras ilmu ketuhanan. Perbahasan berkaitan dengan sains ketuhanan ini diperkukuh berdasarkan dalil, hujah, dan ayat al-Quran yang diambil daripada pelbagai surah bagi menunjukkan perbezaan dan kesepaduan antaranya dengan bidang sains sosial dan sains natural.